Niezależnie od rodzaju, cała czekolada powinna być przechowywana w miejscu chłodnym i o niskiej wilgotności (suchym), z dala od bezpośredniego światła słonecznego. Najlepiej uszczelnić ją w hermetycznym pojemniku, ponieważ, jak powiedziała ElendiTheTall, zawarte w niej masło kakaowe będzie wchłaniało smaki.
Ciemna czekolada będzie służyć przez lata. Mleko i biała czekolada wystarczą na znacznie krótszy czas (kilka miesięcy), ze względu na zawartość mleka.
Niewłaściwie przechowywana czekolada zacznie kwitnąć, co objawia się białymi lub szarymi smugami lub plamami na powierzchni. Splamienia lub smugi to oddzielenie się tłuszczu z masła kakaowego i jest oznaką, że czekolada straciła swój temperament. Ten rodzaj czekolady nadaje się do wszelkich zastosowań, w których czekolada zostanie całkowicie stopiona (większość pieczenia). Może być nawet stosowana jako podstawowa (nieziarnista) czekolada do temperowania metodą nasienną, ale nie powinna być wykorzystywana do innych wyrobów cukierniczych.